โรงเรียนสารสาสน์เอกตรา จัดการเรียนการสอนในระดับมัธยมศึกษา โดยใช้หลักสูตรการศึกษาที่โรงเรียนพัฒนาอย่างต่อเนื่องตลอดมาในแนวทางการจัดการเรียนรู้ 2 ภาษา (Bilingualism) ซึ่งสอดคล้องกับหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 กระทรวงศึกษาธิการ และสอดคล้องกับสภาพความเป็นไปและความต้องการของสังคมในยุคปัจจุบัน การพัฒนาหลักสูตรและการจัดการเรียนรู้มุ่งเน้นให้ มีความเข้มข้น หลากหลาย มีคุณภาพสูง เทียบเคียงได้กับมาตรฐานที่ได้รับการยอมรับในระดับสากล
โรงเรียนสารสาสน์เอกตรา แผนกมัธยม จัดการเรียนการสอนโดยเน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ พัฒนานักเรียนให้เต็มตามศักยภาพ เปิดโอกาสให้นักเรียนทุกคนมีส่วนร่วมในการเรียนรู้และการทำกิจกรรม เพื่อฝึกทักษะการเรียนรู้ ทักษะการปฏิบัติงาน ทักษะกระบวนการคิด ได้ลงมือฝึกปฏิบัติด้วยตนเอง จนค้นพบความสามารถ ความถนัด และวิธีการของตนเอง ซึ่งสอดคล้องกับ ทฤษฎีพหุปัญญา หรือ Multiple Intelligences ของ Dr. Howard Gardner ศาสตราจารย์ทางการศึกษาและจิตวิทยาแห่งมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดผู้พัฒนาแนวคิดทฤษฎีพหุปัญญา ซึ่งส่งผลต่อการเปลี่ยนแปลงและการปฏิรูปการศึกษาที่เน้นการพัฒนาความเป็นมนุษย์ที่สมบูรณ์ ส่งเสริมและพัฒนาศักยภาพความถนัดของผู้เรียนตรงตามความถนัดของแต่ละบุคคล เพื่อให้ผู้เรียนได้เรียนรู้วิชาการด้านต่างๆ ได้ฝึกทักษะความสามารถที่จำเป็นอย่างมีประสิทธิภาพ และประสบความสำเร็จในชีวิตในอนาคต
นอกจากนั้นเพื่อเป็นการเตรียมความพร้อมให้กับนักเรียนเข้าสู่การดำเนินชีวิตในศตวรรษที่ 21 และเติบโตขึ้นเป็นพลเมืองที่มีคุณภาพในอนาคต ในกระบวนการจัดการเรียนการสอนจึงได้จัดให้มีการสอดแทรกการพัฒนาทักษะสำคัญที่มีความจำเป็นต่อการดำเนินชีวิตในโลกยุคใหม่ที่มีการเปลี่ยนแปลงอยู่ตลอดเวลา ทักษะสำคัญที่จำเป็นสำหรับการเรียนรู้ในศตวรรษที่ 21 ที่นักเรียนควรได้รับการพัฒนา ได้แก่ การคิดอย่างมีวิจารณญาณ การคิดสร้างสรรค์ ความสามารถในการแก้ปัญหา การทำงานร่วมกัน การสื่อสาร และการใช้เทคโนโลยี เป็นต้น
จัดการเรียนการสอนในแนวทาง 2 ภาษา (Bilingual Thai-English) โดยมุ่งเน้นการพัฒนาศักยภาพการใช้ภาษาอังกฤษระดับสูงให้กับนักเรียนที่มีพื้นฐานความสามารถการใช้ภาษาอังกฤษอยู่ในระดับดี โดยมีเป้าหมายการพัฒนานักเรียนให้มีความเชื่อมั่นในการใช้ภาษาอังกฤษสามารถใช้ภาษาอังกฤษเพื่อการศึกษาเรียนรู้และสื่อสารในระดับสากลได้อย่างมีคุณภาพ ส่งเสริมและพัฒนาให้นักเรียนมีความรอบรู้เชิงวิชาการ มีทักษะสำคัญที่จำเป็นสำหรับการเรียนรู้ในศตวรรษที่ 21 เตรียมความพร้อมให้นักเรียนมีความเชื่อมั่นในความสามารถการใช้ภาษาอังกฤษเพื่อการศึกษาต่อในระดับมัธยมศึกษาตอนปลายตามความถนัดและความสนใจ กำหนดสัดส่วนเวลาการเรียนในภาคภาษาไทยกับภาคภาษาอังกฤษเป็น 30 : 70
จัดแผนการเรียนให้นักเรียนที่สำเร็จการศึกษาในระดับมัธยมศึกษาตอนต้นได้ เลือกเรียนตามความสามารถ ความถนัด และความสนใจ ดังนี้
กิจกรรม MI เป็นกิจกรรมที่นำแนวคิดของทฤษฎีพหุปัญญา (Theory of Multiple Intelligences) ของศาสตราจารย์ โฮเวิร์ด การ์ดเนอร์ (Howard Gardner) มาประยุกต์ใช้บนพื้นฐานความเชื่อที่ว่า นักเรียนแต่ละคนมีความสามารถทางปัญญาที่แตกต่างกัน ซึ่งสามารถแบ่งได้เป็น 8 ด้าน ดังนี้
1. ปัญญาด้านภาษา (Linguistic Intelligences)
2. ปัญญาด้านตรรกศาสตร์และคณิตศาสตร์ (Logical-Mathematical Intelligences)
3. ปัญญาด้านมิติสัมพันธ์ (Visual-Spatial Intelligences)
4. ปัญญาด้านร่างกายและการเคลื่อนไหว (Bodily Kinesthetic Intelligences)
5. ปัญญาด้านดนตรี (Musical Intelligences)
6. ปัญญาด้านมนุษย์สัมพันธ์ (Interpersonal Intelligences)
7. ปัญญาด้านการเข้าใจตนเอง (Intrapersonal Intelligences)
8. ปัญญาด้านธรรมชาติวิทยา (Naturalist Intelligences)
ทางโรงเรียนจึงจัดให้มีการเรียนการสอนและกิจกรรม MI (Multiple Intelligences) ให้กับนักเรียน ทุกคนโดยมีรูปแบบที่แตกต่างกันไปในแต่ละระดับชั้น โดยมีเป้าหมายเดียวกันคือค้นหาความสามารถทาง ปัญญาที่เป็นจุดเด่นของนักเรียนแต่ละคน แล้วส่งเสริมพัฒนาความสามารถทางปัญญานั้นให้เด่นชัดยิ่งขึ้น
หลังจากนักเรียนได้ผ่านกระบวนการค้นหาความถนัดในระดับประถมแล้ว เมื่อนักเรียนเข้าสู่ระดับมัธยม นักเรียนจะได้รับการส่งเสริมและพัฒนาความสามารถและความถนัดอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะเมื่อนักเรียนเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 และจะต้องเลือกแผนการเรียนเพื่อศึกษาต่อ ในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.4 – ม.6) นักเรียนจะมีความมั่นใจในความสามารถ และความถนัดของ ตนเองมากพอที่จะตัดสินใจเลือกแผนการเรียนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายและการเลือกคณะในระดับ มหาวิทยาลัยต่อไป