ในปี พ.ศ. 2536 โรงเรียนสารสาสน์พิทยาได้เปิดสอนแผนกสองภาษาไทย-อังกฤษ เรียกว่า “EXTRA CLASS” หมายถึง ชั้นเรียนพิเศษที่จัดการเรียนการสอน เป็นภาษาอังกฤษมากกว่าชั้นเรียนอื่นๆ โดยมีครูชาวต่างประเทศเป็นผู้สอนภาษาอังกฤษให้นักเรียนโดยตรง มุ่งเน้นให้นักเรียนได้เรียนรู้ภาษาอังกฤษอย่างถูกต้องและถูกวิธีจากครูผู้สอนที่เป็นเจ้าของภาษา ในขณะเดียวกันก็ยังคงได้รับการศึกษาตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการอย่างครบถ้วน โดยได้รับความช่วยเหลือในด้านการพัฒนาหลักสูตรการพัฒนาบุคลากร และเทคนิคการสอนต่างๆจาก Cambridge Public School, Boston ประเทศสหรัฐอเมริกา ซึ่งมีสัญญาให้ความช่วยเหลือกับโรงเรียน

          ปี พ.ศ. 2537 Catholic Education Center, Brisbane ประเทศออสเตรเลีย ได้ส่งบุคลากรมาให้ความช่วยเหลือในด้านการพัฒนาหลักสูตร การจัดการเรียนการสอน และประสานงานในการจัดหาครูผู้สอนให้กับโรงเรียน การจัดการเรียนการสอนในแนวใหม่นี้ได้รับความสนใจจากผู้ปกครองเป็นจำนวนมาก เนื่องจากความสามารถในการใช้ภาษาอังกฤษของนักเรียนดีขึ้นเห็นได้อย่างชัดเจน ในขณะที่นักเรียนยังคงมีสัมฤทธิ์ผลในการเรียนหลักสูตรภาษาไทยในเกณฑ์ที่ดีเช่นเดียวกัน

          ในปี พ.ศ. 2538 แผนกสองภาษา EXTRA CLASS จึงได้แยกออกมาจัดตั้งเป็น "โรงเรียนสารสาสน์เอกตรา" ดังเช่นในปัจจุบัน

          โรงเรียนสารสาสน์เอกตราเป็นโรงเรียนหนึ่งในกลุ่มโรงเรียนเครือสารสาสน์ ที่มีอยู่ ทั้งหมด 45 โรงเรียน (ข้อมูลปี พ.ศ.2562) เป็น โรงเรียนแห่งแรกในประเทศไทยที่จัดการเรียนการสอน โดยใช้ ภาษาอังกฤษเป็นสื่อการสอน ในลักษณะสองภาษา ไทย-อังกฤษ (BILINGUAL Thai-English) ได้รับอนุญาตจากสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการให้ดำเนินการสอน เมื่อปี พ.ศ. 2538 หลังจากได้รับอนุญาต โรงเรียนได้มีการพัฒนาในด้านวิชาการและส่งเสริมศักยภาพนักเรียนในด้านต่างๆอย่างต่อเนื่อง

           นอกจากนี้ โรงเรียนยังได้ลงนามความร่วมมือกับ ACT Education Solutions Ltd. แห่งรัฐไอโอวา ประเทศสหรัฐอเมริกาและเมืองเซี่ยงไฮ้ ประเทศจีน เพื่อจัดหลักสูตรระดับประกาศนียบัตร นานาชาติ (Global Assessment Certificate : GAC) เป็นโรงเรียนแรกในประเทศไทย โดยเริ่มโครงการในปี พ.ศ.2553 นักเรียนที่จบหลักสูตร GAC สามารถเทียบโอนหน่วยกิตเพื่อศึกษาต่อใน Pathway Universities มากกว่า 100 แห่งทั่วโลก

          ปัจจุบันโรงเรียนสารสาสน์เอกตราจัดเป็นโรงเรียนประเภทสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ เปิดทำการสอนในระดับ เตรียมอนุบาลจนถึงมัธยมศึกษาปีที่ 6 โดยใช้หลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ และจัดการเรียนการสอนโดยใช้ภาษาอังกฤษเป็นสื่อการสอนในลักษณะสองภาษา ไทย-อังกฤษ (BILINGUAL Thai-English)

          โดยมี "นายพิบูลย์ ยงค์กมล" เป็นผู้รับใบอนุญาต และ "นายพิสุทธิ์ ยงค์กมล" เป็นผู้จัดการและผู้อำนวยการ